У группировок НПС также есть свои командующие, которые используют AI для противодействия врагу. Можно выбрать
четыре уровня искусственного интеллекта:
-Отключен
-Нормальный
-Сложный
-Невозможный (Очень сложный)

Новая игра НЕ обязательна.

Добавлено еще два типа задач для НПС-АИ системы.
- Отражение атак: Эта задача используется для отражения атак на своей территории от вражеской фракции. Что весьма повышает их оборонительные способности.
- Сопровождение игрока: Когда игрок присутствует на уроне, дружественная фракция отправляет группу НПС для его сопровождения.

Добавлен новый НПС-АИ профиль, применяемый к Чистому небу.
- Охрана игрока: Группировка исполняет задачу по защите игрока. Будет очень интересно понаблюдать за реакцией фракций ЧН (Охрана игрока) и Ренегаты (Охота на игрока) которые будут пытаться исполнять свои задачи.

- Используется усовершенствованный алгоритм для эксплуатации населения смарт-террейнов по максимуму. Бои в этой версии стали более насыщенней и интересней чем в предыдущих.
- Пофиксены некоторые неправильные пути на болотах и на свалке.
- Произведена оптимизация скриптов, поэтому стоит ожидать повышения производительности.

S.T.A.L.K.E.R - Clear Sky - Faction Commander 2.5